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2013|14 Jahresbericht Fraunhofer IGB

1 NGS am Fraunhofer IGB von der Probenaufbe- reitung, über die Sequenzierung bis hin zur voll- ständigen bioinformatischen Lösung. 2 Visualisierung der Sequenzdaten von P. aphidis mit dem GeneScapes Viewer, der am Fraunhofer IGB entwickelt wurde. 73 PaG_02719 PaG_02774 PaG_02723 10 5 PaG_02719 PaG_02774_1 PaG_02774_2 PaG_02723 10 5 10 5 In silico vorhergesagte Annotation Experimentelle Annotation Sequenzreads 2 x 95 bp (0 h, nicht induziert) Sequenzreads 1 x 50 bp (114 h, in Glukose induziert) Sequenzreads 1 x 50 bp (114 h, in Sojaöl und Glukose induziert) Kontakt Dipl.-Biol. Christian Grumaz Telefon +49 711 970-4079 christian.grumaz@igb.fraunhofer.de Dr. Kai Sohn Telefon +49 711 970-4055 kai.sohn@igb.fraunhofer.de Sequenzierung des Biotensid-Produktionsstamms Pseudozyma aphidis Ein Großteil der für die Reinigungs- und Lebensmittelindustrie benötigten Tenside wird auf chemischem Weg auf Basis von Erdöl oder pflanzlichen Ölen hergestellt. Dabei bietet auch die derzeit noch vergleichsweise kostenintensive Produktion von Biotensiden durch Mikroorganismen ein großes Potenzial. Über genomweite Untersuchungen eines besonders effizien- ten Produzenten des Biotensids MEL mittels NGS, konnten wir im Projekt »BioSurf« die für die MEL-Biosynthese notwendi- gen Gene identifizieren. Diese dienen nun als Blaupause für das Metabolic Engineering des Stammes mit dem Ziel, MEL- Varianten mit maßgeschneiderten Eigenschaften zu erhalten. Charakterisierung von Mikroorganismen-Populationen in der Biogasproduktion Kenntnisse über die räumliche und zeitliche Zusammenset- zung der Mikroorganismenpopulationen im Silier- und Biogas- prozess sowie deren gezielte Beeinflussung bieten innovative Möglichkeiten, die Prozessführung im Sinne einer höheren Biogasausbeute zu optimieren. Hierbei ermöglicht die NGS- Technologie im Projekt »GOBi«, komplexe mikrobielle Ge- meinschaften umfassend zu charakterisieren. Dabei werden auch Organismen erfasst, die mit klassischen mikrobiologi- schen Methoden nicht identifiziert werden können, da sie in vitro nicht oder nur unzureichend wachsen. Literatur [1] Lander, E. S. et al. (2001) Initial sequencing and analysis of the human genome, Nature 409 (6822): 860 – 921 [2] Venter, J. C. et al. (2001) The sequence of the human geno- me, Science 291 (5507): 1304 – 1351 [3] Perkel, J. (2013) Finding the true $1000 genome, Biotech- niques Feb 54 (2): 71 – 74 [4] Metzker, M. L. (2010) Sequencing technologies – the next ge- neration, Nature Review Genetics, 11(1): 31 – 46 Förderung Wir danken der Fraunhofer-Zukunftsstiftung für die Förderung des Projekts »RIBOLUTION« und dem Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) für die Förderung der Projekte »BioSurf« und »GOBi«. 2

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